生物软件安装选择：bioconda

bioconda，基于conda的生物信息学软件包管理器，提供广泛的生物信息学工具，如Python, R, Ruby, Lua, Scala等语言的模块。其官网是 bioconda.github.io/。

生物软件列表图（图1）

bioconda优点

bioconda作为生物软件安装的优选方案，其安装步骤如下：

1. 下载并使用普通用户安装bioconda

使用wget命令下载bioconda，执行bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh脚本进行交互式安装。

2. 安装并配置路径

按照提示进行安装，并选择将bioconda软件目录添加到.bashrc的PATH变量中。

3. 完成安装

软件安装完成后，通过source ~/.bashrc刷新配置或新开窗口执行conda命令，确认安装成功。

4. 添加国内源

为了提高安装速度，添加国内源如mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn。在命令行中添加国内源并更新。

5. 安装生物软件

使用conda命令安装所需生物软件，包括搜索、安装、显示、更新等操作。

6. 指定版本安装

可以安装最新版本或指定特定版本的生物软件，如bwa=0.7.15。

Tips：有时安装会中断，尝试多次以确保成功。

至此，bioconda提供了一套高效、便捷的生物信息学软件安装流程，显著提高了生物信息学研究的效率。

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文章来源：天狐定制

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