增值税自查补税的会计处理需遵循“溯源法”，即补做未计收入。若未计不含税收入为10万元，销项税额为1.7万元，会计处理为借：应收帐款/银行存款等117000，贷：主营业务收入 100000，贷：应交税费-应交增值税-销项税额 17000。结转成本则借：主营业务成本，贷：库存商品等。结转损益则借：本年利润，贷：主营业务成本。若查补的是以前年度的收入，除了增值税还需补提企业所得税，处理方法与正常处理相同。因自查补税还需缴纳滞纳金，实际缴纳罚款时借：营业外支出-罚款支出，贷：银行存款。年终进行所得税汇算清缴时，滞纳金不得在税前扣除。

增值税纳税申报表的填写方法是，自查收入应填至第4栏“纳税检查调整的销售额”，自查税款加至第11行“销项税额”、第16行“按适用税率计算的纳税检查应补缴税额”、第17行“应抵扣税额合计”。查补税款需单独交纳，申报时表仅反映补记收入部分，税款通过销项和进项相抵减，以防重复计应纳税。增值税应交税费下设“应交增值税”、“未交增值税”、“增值税纳税调整”三个有关增值税的二级明细科目，其中“增值税纳税调整”仅适用于税务局稽查或税务局委托税务师事务所发现的问题的调整，自查的补税则不应通过此科目核算，而应通过“应交增值税”明细核算。自查补税交纳时借：应交税费-应交增值税(增值税检查调整)，贷：银行存款，申报表上填在检查调整一栏内。

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