对于公司自主开发的系统作为公司商品销售，确认成本和做账的过程涉及以下步骤：

1.成本确认：

首先，需要确认系统的成本。系统的成本包括开发过程中的人工成本（开发人员工资）、开发工具和软件的购置成本、硬件设备的成本等。所有与系统开发直接相关的支出都应该被纳入成本考虑。

2.分配成本：

将开发过程中发生的各项支出按照一定的成本分配方法分配到具体的项目或商品上。这可以通过成本核算方法，如直接成本法、间接成本法等来完成。

3.成本核算：

进行成本核算，确定每个系统的总成本。这可以通过将直接和间接成本相加得到。

4.商品定价：

基于成本核算结果，公司可以制定系统的销售价格。除了成本，还需要考虑市场需求、竞争对手价格、附加值等因素来确定一个合理的售价。

5.做账处理：

在公司的会计制度中，将系统的成本记录为资产，当系统售出时，将销售额记录为收入。根据会计准则和税法规定，合理记录开发成本和销售收入。

需要注意的是，确保公司的成本确认和做账符合相关的会计准则和税法规定，建议咨询专业会计师的建议，以确保公司财务的合规性。

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文章来源：天狐定制

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