玉溪农业职业技术学院王牌专业有烟草栽培与加工、园艺技术、畜牧兽医、会计等，这些专业在学院内部评价较高。烟草栽培与加工是《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018年）》项目认定的骨干专业，中央财政支持专业包含烟草栽培与加工、园艺技术。另外，畜牧兽医为云南省级特色骨干院校重点建设专业，会计专业在云南省高职高专会计专业评估中获得了A级5星。

玉溪农业职业技术学院是云南省政府批准、国家教育部备案的全日制普通高等学府。学院是国家教育部现代学徒制试点学校、云南省第110职业技能鉴定所、云南省校园创业示范平台、澜沧江—湄公河职业教育联盟理事单位。学院的历史可以追溯到1956年成立的云南省玉溪农业学校。之后经历了多次更名与调整，最终在2002年组建成为玉溪农业职业技术学院。

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