光呼吸涉及三个细胞器的相互协作:叶绿体、过氧化物酶体和线粒体。整个过程可被看作由RuBP被加氧分解为2—磷酸乙醇酸和3—磷酸甘油酸开始,经过一系列的反应将两碳化合物磷酸乙醇酸生成3—磷酸甘油酸,后者进入卡尔文循环,可再次生成为RuBP。而叶绿体内进行的是光呼吸开始和收尾的反应,过氧化物酶体内进行的是有毒物质的转换,而线粒体则将两分子甘氨酸合成为一分子丝氨酸,并释放一分子二氧化碳和氨。在光呼吸过程中产生的氨,细胞能通过谷氨酰胺—谷氨酸循环快速固定再次利用高效回收,
这个过程消耗一分子ATP和NADPH。在陆生C3植物中,在光呼吸过程中产生的氨量比植物根部能吸收到的还要多,成为植物自身氮代谢的一个重要环节。而且相比起根部通过吸收硝酸根或直接从根瘤中得到氨的固定途径,光呼吸的氨固定效率要高出5到10倍。
叶绿体,过氧化物酶体和线粒体相互靠近,底物在细胞器之间的扩散距离就会被缩短,反应速度自然会被加快。 光呼吸的开始部分:1分子氧气能与1分子1,5-二磷酸核酮糖生成1分子2-磷酸乙醇酸(2-Phosphoglycolate)和3-磷酸甘油酸(3-Phosphoglycerate)。反应由1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶Rubisco催化。
这1分子磷酸乙醇酸会被磷酸乙醇酸磷酸酶脱去磷酸机团成为乙醇酸(Glycolate)。乙醇酸在叶绿体内膜上有相应的转运体(Translocator),它协助乙醇酸离开叶绿体。乙醇酸到达过氧化物酶体时,会通过可能是由孔蛋白(Porin)组成的孔(Poren)进入过氧化物酶体。
而横向来看,光呼吸的最终阶段也是发生在叶绿体。由过氧化物酶体得来的甘油酸会转变为3-磷酸甘油酸,而后者也是光呼吸开始时二磷酸核酮糖分解和卡尔文循环羧化阶段的产物。3-磷酸甘油酸会进入卡尔文循环余下的两个阶段:还原阶段(产物是丙糖磷酸Triosephosphate)和1,5-二磷酸核酮糖再生阶段。
同时,叶绿体也能将α-酮戊二酸还原为谷氨酸。这是光呼吸过程中谷氨酸-酮戊二酸循环中的一部分。再生的谷氨酸会再回到过氧化物酶体内与乙醛酸进行转氨基作用。 过氧化物酶体的基质是细胞中处理有毒物质的特殊场所。但通过对拟南芥(学名:Arabidopsis thaliana)的研究,过氧化物酶体具有比以前认为的(即脂类降解,光呼吸和过氧化氢解毒三大作用)更多功能。在光呼吸光程中产生的乙醛酸和过氧化氢(双氧水)都是有毒害作用的物质。即使该两种物质低浓度的存在于叶绿体中,也能够完全阻断光合作用的发生。原因是,乙醛酸和过氧化氢会氧化卡尔文循环中硫氧还蛋白的二硫键,硫氧还蛋白因此失去激活下游蛋白的能力。乙醛酸还能抑制Rubisco。
在过氧化物酶体中,乙醇酸加氧成为乙醛酸,并生成过氧化氢。
过氧化氢会被过氧化物酶体中的过氧化氢酶(Catalase)催化为水和氧气。而乙醛酸也会在谷氨酸的参与下通过转氨基作用生成甘氨酸,催化的酶是谷氨酸乙醛酸转氨酶。甘氨酸通过孔道逸出过氧化物酶体到达线粒体,通过转运进入后者参加下一步反应。
而在线粒体生成的丝氨酸则又会回到过氧化物酶体,这时的丝氨酸会作为氨基供体,通过丝氨酸乙醛酸氨基转移酶(Serine glyoxylate aminotransferase SGAT)转变为羟化丙酮酸,后者在NADH供氢的情况下被还原为甘油酸,返回叶绿体。而丝氨酸乙醛酸氨基转移酶和谷氨酸乙醛酸转氨酶所催化的反应都是植物体内调节氨基酸含量的重要过程。
与线粒体和叶绿体膜的选择性通透不同,过氧化氢和乙醛酸非常容易通过过氧化物酶体膜逸出。但这并未发生,是因为过氧化物酶体的基质的特殊性质。实验发现,倘若线粒体或叶绿体的膜被破坏(例如将两者悬浮于水中,所谓的“渗透休克”即会发生细胞膜破裂),线粒体和叶绿体的内容物会溶解。但过氧化物酶体的内容物在膜破裂后却会以颗粒状存在,颗粒大小与原过氧化物酶体相当。这说明,在过氧化物酶体中,酶是以复合体(Multienzymcomplex)的形式结合在一起的。一系列的酶促反应在复合体中各个部分之间能快速传递,又能防止底物逸出和副反应的发生,是一种非常高效的代谢形式,被称为“代谢物沟道效应”(Metabolite channelling)。
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