两所大学都很好，如果一定要进行比较，也是要根据个人的理想和目标的设立来进行比较，两所高校的办学理念和情况都有些不同，只能是从以下几个情况来进行纵向比较，来进行对比。

一、两所高校都入选了2012教育部卓越医生培养计划，但它们的培养方向是不同的。

1、南京大学医学院：2012年入选教育部卓越医生培养计划中的拔尖创新人才培养计划，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家。

2、南京医科大学：2012年入选教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校，承担的项目名称为五年制临床医学人才培养。

二、两所高校所涉及的专业是有所不同的。

1、南京大学医学院：现设临床医学（八年制）、临床医学（5+3一体化）和口腔医学（五年制）三个专业。

2、南京医科大学：学校设有26个本科专业，1个九年本硕博一贯制专业方向、3个“5+3”本硕一体化专业方向。

三、两所高校的学制有所不同。

1、南京大学医学院：1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。

2、南京医科大学：学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。

参考资料来源：百度百科-南京医科大学

参考资料来源：百度百科-南京大学医学院

参考资料来源：南京医科大学-学校简介

参考资料来源：南京大学医学院-关于我们

参考资料来源：百度百科-卓越医生教育培养计划

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