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孟德尔随机化研究一直是科研领域的热点,本期我们不仅总结了孟德尔随机化数据库的使用,还详细介绍了从0开始撰写一篇孟德尔随机化文章的步骤。
在进行孟德尔随机化研究时,我们需要关注两种关键数据类型:暴露数据和结局数据。上一期文章中,我们已经介绍了部分孟德尔随机化数据库,具体可查看相应链接。
本期文章着重介绍Finngen、IEU、PGC三个数据库。
Finngen是芬兰基因组研究项目,致力于探索基因组学与医学前沿的关系,提供大规模基因组数据,支持研究人员深入研究基因与疾病之间的联系,促进个体化医学发展。访问其官网finngen.fi/en了解更多信息。
IEU位于英国布里斯托大学,是一个专注于整合流行病学研究的单位。IEU采用综合方法深入理解健康和疾病,通过遗传、生物学、社会经济学和环境学等多学科信息,推动流行病学研究的进步。第六届孟德尔随机化国际会议将在2024年6月19日于布里斯托举行,详情可访问bristol.ac.uk/integrati...
PGC是精神疾病基因组联盟,成立于2007年,专注于研究抑郁症、精神分裂症、双相情感障碍等精神疾病的遗传学。通过大规模基因组研究,PGC揭示精神疾病的遗传基础,使用基因关联研究和全基因组测序等方法识别遗传变异。更多信息可访问pgc.unc.edu。
孟德尔随机化研究的关键步骤包括获取数据、选取合适工具、数据预处理、MR分析等。获取GWAS数据前,需明确研究目标,选择与问题相关的基因型数据。数据预处理包括数据清理、缺失值处理、基因型数据合并、SNP的LD剪切、共变量检查和调整等。在进行MR分析时,关注SNP与结局的关系,使用多种分析方法,如MR Egger、Weighted median、Inverse variance weighted等。
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文章来源:天狐定制
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