海洋学系隶属于海洋环境学院，坐落于崂山校区，现设有海洋科学、海洋管理、应用海洋学三个本科专业，并主持海洋学人才基地建设。该基地是1991年我国首批设置的15个"国家理科基础科学研究和教学人才培养基地"之一，于1999年经教育部验收挂牌，并被评为全国优秀基地。海洋系拥有流体力学、海洋调查、卫星海洋学、海洋与大气数值模拟等教学实验室。海洋气象学系设有大气科学、应用气象学二个本科专业。拥有气象实习台、海洋气象教学实验室、大气探测教学实验室等。

海洋生物系隶属于海洋生命学院，坐落于鱼山校区，目前的主要研究领域包括海洋生物学、动物胚胎与发育生物学、微生物学、生物化学、海洋微生物、海洋生物材料、动物细胞工程等。为海洋生物学、微生物学、细胞生物学、发育生物学、生化与分子生物学硕士、博士学位授予点。拥有国家海洋生物学重点学科，山东省海洋生物学重点实验室，山东省重点学科，国家生物学一级学科的重要组成部分之一，有国家级优秀教学团队。联合国教科文组织中国海洋生物工程中心（Chinese BETCEN/BAC/UNESCO）也设在本系。

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