番茄属于茄科番茄属。茄科包括90个属（余诞年等，1999），主要分为两个亚科，即茄亚科和亚香树亚科。茄亚科又分为几个族，茄族是该亚科中最大的一个族，包括番茄属、茄属在内共18个属。番茄属所有种的染色体均为2n=2x=24。番茄属与茄属之间的主要区别在花药形态上。番茄属的种通常有5个花药，有些变种有6个花药，雄蕊联结在一起形成圆锥形的筒状，圆锥体的顶端由每个花药的顶端延长部分组成，另外，番茄属的种，花药开裂为侧裂，而茄属则为顶端开裂。

番茄属是茄科中的小属，但是分布广泛。对于该属内的种、亚种和变种的分类，不同的学者有不同的观点。Miller（1940）和Luck Will（1943）将番茄属分为两个亚属6个种，苏联勃列日涅夫（1958）把番茄分成3个种，目前为大多数人所采用的分类体系是由美国科学家Charles.M.Rick 1976年提出的，他将番茄属分为2个亚群9个种。

Charles.M.Rick分类法：

Lycopersicon Miller番茄属

1.esculentum-Complex 普通番茄复合体

（1）L.esculentum Mill.普通番茄

L.esculentum Mill. var.esculentum普通番茄

L.esculentum Mill. var.cerasiforme（Dun.）Gray 樱桃番茄

（2）L.pimpinellifolium（Jusl.）Mill.醋栗番茄

（3）L.cheesmanii Riley 契斯曼尼番茄

L.cheesmanii Riley f.cheesmanii契斯曼尼番茄型

L.cheesmanii f.minor（Hook.f.）Mill. 小番茄型

（4）L.hirsutum Humb. & Bonpl.多毛番茄

L.hirsutum Humb. & Bonpl.f.hirsutum有毛型

L.hirsutum f.glabratum Mull. 无毛型

（5）L.pennellii（Corr）D’Arcy潘那利番茄

L.pennellii（Corr）D’Arcy var.pennellii

L.pennellii var.puberulum（Corr）D’Arcy

（6）L.ckmielewskii Rick，Kes.，Fob.& Holle克梅留斯基番茄

（7）L.parviflorum Rick，Kes.，Fob.& Holle 小花番茄

2.peruvianum-complex秘鲁番茄复合体

（1）L.peruvianum（L）Mill.秘鲁番茄

L.peruvianum（L）Mill. var.peruvianum秘鲁番茄变种

L.peruvianum var.humifusum Mull.矮生秘鲁番茄变种

（2）L.chilense Dun.智利番茄。

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