fossils (which were) clearly intermediate,or transitional between land mammals and cetaceans were missing until recently.

这里是倒装，由于主语部分较长，避免头重脚轻。intermediate,or transitional between land mammals and cetaceans 是两个并列的形容词短语做前面fossils的定语，相当于一个定语从句，意思是“处于陆地哺乳动物和鲸类动物之间的中间性和过渡性化石”。

这个句子意思：

处于陆地哺乳动物和鲸类动物之间的中间性和过渡性化石到目前仍未发现。

这个与前面句子的意思是吻合的。前面说：

从化石记录我们了解了灭绝了的但已经是完全水生的鲸类动物。但是行走的哺乳动物（对应下一句中的land mammals） 与会游泳的鲸类（对应于下句cetaceans）之间的（化石记录链条的）缺口（呼应下句missing ）是如何被弥补的呢？

（你给的句子里的bridge应该是 bridged， --- How was the gap bridged？

bridge the gap 的被动语态）

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