lefse分析是什么：LEfSe分析即LDA EFfect Size分析，是一种用于发现和解释高维度数据生物标识(基因、通路和分类单元等)的分析工具，可以进行两个或多个分组的比较，它强调统计意义和生物相关性，能够在组与组之间寻找具有统计学。差异的生物标识(Biomarker)。

LEfSe分析中的检验

1、参数检验与非参数检验的区别

参数检验：即总体分布类型已知，用样本指标对总体参数进行推断或作假设检验的统计检验方法。

非参数检验：即不考虑总体分布类型是否已知，不比较总体参数，只比较总体分布的位置是否相同的统计方法。

参数检验分类：T检验，方差分析，(要求:放齐性、正态分布)。

选用非参数检验的情况有：①总体分布不易确定(即不知道是不是正态分布)②分布呈非正态而无适当的数据转换方法③等级资料等。

一般地,微生物多样性分析中，样本群落分布不确定，多采用非参数检验。

秩和检验

秩和检验是-种非参数检验法，它是一种用样本秩来代替样本值的检验法。根据样本分组的不同可分为两样本Wilcoxon秩和检验和多样本Kruskal-Wallis检验。

秩次(rank):秩统计量,是指全部观察值按从小到大排列的位序秩和(rank sum):同组秩次之和。秩和检验就是通过秩次的排序列求出秩和.进行假设检验。

aWilcoxon秩和检验(Wilcoxon rank sum test.也称为Mann-WhitneyTest)

基本思想是：若检验假设成立,则两组的秩和不应相差太大。通过编秩，用秩次代替原始数据信息来进行检验。

原理就是不管样本中的数据到底是多少，将两样本数据混合后从小到大排序，然后按顺序赋秩，最小的赋为1最大的赋为n1+n2分别对两个样本求平均秩.如果两个样本的平均秩相差不大，则说明两个总体不存在显著差异;反之，若相差较大，先分别求出两个样本的秩和，再计算检验统计量(含量较小的样本秩和)和统计量(期望秩和，查T借表可知)的P值并作出决策。

补充材料:Wilcoxon秩和检验是由F.Wilcoxon于1945年提出，1947年，Mann和Wiltney对Wilcoxon秩和检验进行了补充，后面就有了Mann-Wiltney检验。b)Kruskal-Wallis秩和检验

原理与两样本Wilcoxon检验类似，不同的是Kruskal-Wallis秩和检验针对多组独立样本，目进行的是H检验:在实际秩和与期望秩和差值的基础上计算检验统计量.最后计算出统计量的P值并作出决策。需注意的是，多组样本差异显著时,应进行多样本的两两比较的秩和检验。

本文地址： http://www.goggeous.com/a/1/1308563

文章来源：天狐定制

版权声明：除非特别标注，否则均为本站原创文章，转载时请以链接形式注明文章出处。