概念不同，产物不同，存在范围不同等。

1、在微生物的新陈代谢中，将微生物从外界吸收各种营养物质，通过分解代谢和合成代谢，生成维持生命活动的物质和能量的过程，称为初级代谢；次级代谢是相对于初级代谢而提出的一个概念；认为，次级代谢是指微生物在一定的生长时期，以初级代谢产物为前体，合成一些对微生物的生命活动无明确功能的物质的过程。

2、初级代谢产物有单糖或单糖衍生物、核苷酸、维生素、氨基酸、脂防酸等单体，以及由它们组成的各种大分子聚合物，如蛋白质、核酸、多糖、脂质等；次级代谢产物大多是分子结构比较复杂的化合物；根据其作用，可将其分为抗生素、激素、生物碱、毒素等类型。

3、初级代谢的代谢系统、代谢途径和代谢产物在各类生物中都基本相同，它是一类普遍存在于各类微生物中的一种基本代谢类型；次级代谢只存在于某些微生物中，并且代谢途径和代谢产物因生物不同而不同，就是同种生物也会由于培养条件不同而产生不同的次级代谢产物。

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