清华大学医学部成立于2001年10月25日，由两院院士、著名医学科学家吴阶平教授担任首任院长。它与北京协和医学院合作办学，使用“北京协和医学院-清华大学医学部”名称。2006年9月，根据教育部和卫生部的协议，以及两校的实施方案，“中国协和医科大学”成为“北京协和医学院-清华大学医学部”的牌子。该医学部依托清华大学的综合优势和学术氛围，以及协和在医学领域的研究和临床实力，实现优势互补，共同发展。
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