上海医科大学由四所本科大学组成，分别是复旦大学上海医学院、上海交通大学医学院、上海健康医学院及上海中医药大学。

创立于1956年的上海中医药大学，是中国建国后首批成立的四所中医药高等院校之一，亦是上海属下高校中唯一的医学类重点特色院校。1985年，上海市中医药研究院成立，实行两块牌子、一套管理机构的体制，由学校校级领导兼任研究院院级领导。

复旦大学上海医学院创建于1927年，最初名为国立第四中山大学医学院，是中国首所国立大学医学院。上海交通大学医学院则源于1952年全国高校院系调整时，由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院和同德医学院合并而成的上海第二医学院。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部和上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校之一。

上海健康医学院，简称“上健医”，位于上海，是一所市属本科医学院校，入选上海高等学校一流本科建设引领计划，为上海市文明单位、平安示范单位。

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