学院下设水道及港口工程系、海洋科学与技术系、海岸与海洋工程系3个系,并设有工程CAD与图学教研室、海岸及海洋工程研究所、风暴潮灾害研究所、物理海洋研究所、高坝通航研究所、“海岸灾害及防护”教育部重点实验室、港口航道及海岸工程实验中心等教学科学研究机构。
学院现有港口海岸及近海工程、海岸带资源与环境、物理海洋学3个博、硕士点,交通运输工程领域工程硕士点,港口航道与海岸工程、海洋科学(海洋技术)2个本科专业。
2015年5月18日,艾瑞深中国校友会网编制完成《2015中国大学本科专业评价报告》,报告公布了2015中国大学最佳专业排行榜。河海大学港口航道与海岸工程专业荣膺6星级专业,即“中国顶尖专业”,为该专业全国30多个办学点中唯一获此殊荣。
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