哈尔滨工程大学有软件工程、金融学、核工程与核技术、数学与应用数学、光电信息科学与工程、应用物理学、英语、法学、社会学、思想政治教育等专业。
截至2022年5月，学校设有17个学院（系、部）、本科专业65个。2022年2月，学校新增智能制造工程专业、智慧海洋技术专业。截至2022年5月，学校拥有一级学科博士学位授权点14个，一级学科硕士学位授权点32个，博士专业学位类别2个，硕士专业学位类别9个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个；国家一级、二级重点学科各1个，国防特色学科10个，黑龙江省重点学科群1个、一级重点学科11个；入选“985优势学科创新平台”建设1个。
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