生殖性疱疹由单纯疱疹病毒感染引起，单纯疱疹病毒分为两个类型，即Ⅰ型和Ⅱ型。其中Ⅰ型单纯疱疹病毒主要指引起生殖器以外的单纯疱疹，比如长在嘴唇、口周的单纯疱疹；Ⅱ型单纯疱疹病毒主要指引起生殖器部位的疱疹。
单纯疱疹病毒Ⅱ型感染局部皮肤、黏膜后，先在皮肤表皮细胞里面繁殖、扩增，引起局部水疱。水疱痊愈后，病毒又可以进入到神经，潜伏在骶神经节内，当机体免疫力下降时，比如劳累、酗酒、熬夜等，潜伏在神经节内的病毒又重新激活复制、扩增，沿着神经轴索重新到达皮肤表面，引起疱疹复发。所以生殖器疱疹难以根治，容易复发。
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