在生物分类学中，鞭毛菌亚门根据游动孢子的特征被划分为几个主要纲。首先，壶菌纲的游动孢子具有单个鞭毛和后生尾鞭；其次，丝壶菌纲的特点是游动孢子有一根前生茸鞭的单鞭毛；最后，卵菌纲的游动孢子则是双鞭毛，前部分为茸鞭，后部为尾鞭。

过去的真菌学家倾向于根据鞭毛的数量、有性生殖方式和细胞壁的组成，将低等真菌分为壶菌和卵菌两大分支。然而，R.H.惠特克在1969年提出了不同的观点，他将鞭毛菌的演化线扩展到了四个，分别是：壶菌线，包括壶菌、芽枝菌和单毛菌；卵菌线，涵盖了链壶菌、水霉、水节霉和霜霉；前毛菌线；以及根肿菌线，对应根肿菌的演化。

尽管游动孢子是鞭毛菌的共同特征，但学界普遍认为鞭毛菌并非一个单一的自然群体，其多样性和复杂性使其分类显得多源性。一些生物系统学家和真菌学家，如L.马古利斯和R.L.谢弗，根据这些特点，将丝壶菌、卵菌和根肿菌从传统的真菌分类中独立出来，或者将卵菌与其他鞭毛菌区别开来，从而重新定义了鞭毛菌亚门的边界。

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