药学院是沈阳药科大学历史上最悠久的二级教学管理机构。1932年10月开始招收调剂班学员;1940年将调剂班改为药科班;1948年成立药学专科;1949 年将药剂专科改为药剂系;1958 年正式更名为药学系;2001年4月,在原有药学系的基础上,并入了物理化学教研室、分析化学教研室、仪器测试中心、药物代谢与药物动力学实验室,正式组建药学院。
药学院下设两个系:药剂系和药物分析系,其中:药剂系包括3个教研室(或中心)——药剂教研室、物理化学教研室、药剂教学实验中心;药物分析系包括 5 个教研室(或中心)——药物分析教研室、分析化学教研室、药物代谢与药物动力学实验室、分析化学教学实验中心和仪器测试中心。
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