真菌的有性生殖是通过细胞核结合和减数分裂产生后代的生殖方式。多数真菌都具有性生殖阶段。真菌进行有性生殖时，营养体上分化出性器官或性细胞，有性生殖就是通过它们之间的结合完成的。真菌的性器官又称配子囊，性细胞称为配子。由此可见，真菌的有性生殖也要通过减数分裂，一般有性生殖都要通过减数分裂，以维持子代染色体数目的恒定。而既然要减数分裂，就会面临基因重组的问题，当然也是会有基因重组以及交叉互换的。
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