生物信息学领域的一大突破是由DeepMind公司开发的AlphaFold蛋白质结构数据库，它为科学家们提供了前所未有的结构预测资源。这个开放获取的数据库，alphafold.ebi.ac.uk，包含了大量高精度预测数据，显著提升了已知蛋白质结构的覆盖范围。AlphaFold不仅能够根据氨基酸序列精准预测蛋白质结构，其速度和准确性使得大规模的结构预测成为可能，从而加快了生物学家的研究进程。

AlphaFold DB与EMBL-EBI合作，提供包括人类蛋白质组在内的多种模式生物的蛋白质结构预测，未来目标是覆盖超过1.3亿个集群代表的UniRef90中的大部分已编目蛋白质。数据库提供原子坐标、残基和模型的置信度估计，以及预测对齐误差的可视化工具。置信度通过pLDDT评估，高分数表示高置信度，这对于分析结构域的局部准确性尤其重要。

AlphaFold DB的初始版本包含超过36万预测结构，用户可以通过云访问获取元信息、原子坐标以及基于pLDDT的置信度评分。数据库数据经过版本化管理，允许用户通过FTP、API或网页界面（如UniProt登录）进行下载和可视化。此外，AlphaFold DB的搜索功能允许科学家们根据基因名、蛋白质名称或生物体名称查找感兴趣的目标。

每个蛋白质页面展示了AlphaFold的预测结果，包括3D坐标、pLDDT置信度和成对置信度预测，帮助用户分析结构特征和域间位置。通过PAE可视化，科学家可以评估结构域的相对位置和取向的可靠性。通过这些工具，生物学家可以深入理解蛋白质结构，从而推动生物学研究的进展。

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文章来源：天狐定制

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